domi		              package:nenhum                     R Documentation

Cria matriz de dominncia, calcula o ndice de dominncia individual e o ndice de hierarquia 
linear do grupo com base a dados de interaes diticas fornecidos pelo usurio.

Description:

A partir de um dataframe, cria matriz de dominncia com o nmero de interaes entre cada par 
de indivduos no grupo. Calcula o ndice de dominncia (Coulon) para cada indivduo do grupo e 
o ndice de hierarquia linear (Landau) do grupo. Retorna uma lista com a matriz de dominncia, 
o ndice de Landau e o ndice de Coulon.

Usage:

domi(dados, ind)

Arguments:

dados: Dataframe com 3 colunas que deve conter na primeira coluna a identidade dos emissores das 
interaes; na segunda coluna a identidade dos receptores das interaes; e na terceira coluna o
nmero de interaes observadas entre o emissor e receptor durante a observao comportamental.

ind: valor numrico referente ao nmero total de indivduos no grupo, deve ser nmero inteiro. 

Details:

A funo domi baseia-se no conceito de que a dominncia  definida como a propriedade de padres 
repetidos de interaes agonsticas (podendo ser diferentes tipos de comportamento como: brigas, 
ameaas, suplantaes, vocalizaes, etc.) entre dois indivduos, de modo que os dominantes ganham 
a maioria dos conflitos sobre indivduos subordinados. A hierarquia de dominncia existe em 
determinado grupo se os indivduos de um grupo social podem ser ordenados com base a relaes de 
dominncia.

Todos os argumentos da funo devem ser fornecidos.

Value:

A funo domi retorna uma lista com os seguintes componentes:

comp1: Matriz de dominncia. Nas linhas da matriz se encontram todos os indivduos do grupo que 
emitiram a interao (emissores), e nas colunas se encontram todos os indivduos do grupo que 
receberam a interao (receptores). Dentro da matriz se encontram o nmero de interaes entre 
todos os emissores e receptores do grupo.

comp2: ndices de dominncia individual (Coulon). Neste componente da lista se encontram os ndices 
de dominncia de cada indivduo, indicando a posio hierrquica de cada um dentro do grupo. 
Retorna valores de 0 a 1, quanto mais prximo de 1 significa que o animal  mais dominante do que os 
outros.

comp3: ndice de linearidade de Landau. A funo retorna o ndice de hierarquia linear do grupo. 
Podendo ser valores de 0 a 1, quanto mais prximo de 1 mais linear  a hierarquia do grupo, isto , 
existe um indivduo de alto ranking no grupo que domina todos os membros do grupo (A), o segundo no 
ranking (B) domina todos os indivduos menos o A, o terceiro do ranking (C) domina todos os indivduos 
exceto A e B, etc (A>B>C). Quando o ndice  mais prximo de 0, a hierarquia  no linear, pois podem 
existir relaes circulares entre os indivduos (A>B, B>C, C>A), e indivduos com o mesmo ranking de 
dominncia (D=E).

Warnings:

A funo  interrompida e retornam-se mensagens de erro quando o objeto de entrada no  um dataframe 
e quando o argumento ind no  fornecido.

Author(s):

Maria Fernanda De la Fuente Castelln
ferni211@yahoo.com.ar

References:

Lehner P.N. 1996. Handbook of Ethological Methods. Second edition. Cambridge: Cambridge University Press. 672p.

Examples:

#Exemplo 1 
#criando vetores para incluir no dataframe
emissor<-c(rep("A", 32), rep("B", 110), rep("C", 102), rep("D", 27), rep("E", 13))
receptor<-c(rep("D", 21), rep("E", 11), rep("A", 41),rep("C", 1), rep("D", 37), rep("E", 31), rep("A", 17), 
rep("B", 14), rep("D", 12), rep("E", 59), rep("A", 3), rep("E", 24), rep("A", 13))
interacoes<-c(rep(1,284))  

#criando dataframe para exemplo
exemplo<-data.frame(emissor, receptor, interacoes)
domi(exemplo, ind=5)

#Exemplo 2
#exemplo com objeto de classe errada (nao dataframe) 
data<-c(rep("A", 32), rep("B", 110), rep("C", 102), rep("D", 27), rep("E", 13))
domi(data, ind=5)

#Exemplo 3
#exemplo sem colocar o argumento do nmero de indivduos no grupo (ind)
domi(exemplo)
